第12集：黑暗战书终于落入博士之手

萨姆和比利是孪生兄弟，俩人长得一模一样。菲尔把黑暗战书放在了比利那儿，因为他有将东西变没的本事。结果，监察者将比利抓走了，跟比利在一起的萨姆特工急忙将这一消息通知了菲尔。菲尔知道事情又出在基地的内鬼身上。

监察者将比利带进了行驶在大海中的一艘潜水艇上。他们故意将比利和博士关押在一起。博士跟他套近乎，自称也为神盾局工作被抓，并向比利提起了黑暗战书。比利并没有吐露。行刑者走进来，当他要用碎玻璃瓶颈扎进比利眼中时，博士在一旁看不下去了。他解开绳索站了起来，制止了行刑者。他想用不那么血腥的办法得知真相。

菲兹正在修复博士的生化替身，他将替身额头被枪击落的皮肤又粘了回去，对他重新编程。不过，情况并不乐观，博士替身显然比艾达更加高级，菲兹失败了。他不甘放弃，一再地尝试，博士替身聊天时无意中提到，博士认识菲兹的父亲，他们是同学，他讲述着他们的往事，这使菲兹深受刺激，尽管西蒙斯在旁边提醒他说这可能只是博士从档案当中提取过菲兹父亲的资料，以用来使菲兹分手的招数，菲兹情绪还是受到了影响，最后，他拔掉了替身的电源，替身终于闭了嘴，菲兹走出了房间。

西蒙斯告诉迈克，菲兹的父亲总是打击幼小的菲兹，总是说他笨，不聪明，而且在菲兹10岁的时候就抛弃了他，不知去向。

博士将仪器戴到比利头上，他想直接从比利的大脑中读取黑暗战书藏匿之处。读取后发现，黑暗之书原来不在比利手上，他们抓错了人。

菲尔和黛西正在询问萨姆，黑暗之书到底在哪儿。萨姆说也不在他手上，他把它交给了LT。LT是他们特工家族的老大。菲尔听了，觉得LT有了危险，带着生化梅和黛西赶去寻找。最后，在一个音乐厅里，他们找到了。LT是个女人，和一个长得跟比利、萨德一模一样的兄弟在一起。菲尔将他们请回了神盾局。LT告诉他们，她把黑暗战书最后给了比利。

博士在继续读取着比利的记忆，发现他最终将书藏进了神盾局的一间密室里。他让艾达把他读取到的密码一一记录下来，然后让人调转潜水艇，前往神盾局。

菲兹在西蒙斯安慰下，情绪稳定下来并且受到启发有了新思路。他打开替身的头颅，发现了他的量子大脑。功能可以跟人脑媲美。在测试过程中，西蒙斯突然想到了曾测试过的梅的大脑，跟博士替身的大脑相同。她吃惊得叫了起来。

此刻，生化梅正跟菲尔站在密室门口，等着萨姆取出黑暗战书。生化梅对菲尔说也许应该一起进密室，并且诱惑菲尔接吻。这时，LT跑过来，说有三个人押着比利要闯进神盾局，萨德这时也带着黑暗战书走出了密室，并顺手将书交给了生化梅。菲尔让生化梅将书交给他，生化梅却突然将枪口对准了他。生化梅听到菲尔说她不是真正的梅时，有点吃惊。黛西赶来用震波震翻了生化梅。

菲尔带着黑暗战书，用它交换了比利，干净漂亮地干掉了三个闯入者。这时，另一个手持真正黑暗战书的萨德经过，翻倒在地的梅打晕了他，抢过了书，这时，博士走了进来，将书拿到了，抛下受伤的生化梅离去。

LT和三个长得一模一样的兄弟，菲尔黛西等人聚在了一起，商量着下一步的措施。第一个艾达、博士替身被焚烧掉了，现在，生化梅还躺在神盾局里，因为大家觉得找不到梅，这个生化梅跟她还有些关联。